Black Jack là một bác sĩ "không đăng ký" với một quá khứ đầy bí ẩn. Anh ấy làm việc với trợ lý nhỏ của mình Pinoko (người rất yêu thích bác sĩ), giải quyết các trường hợp y tế không mấy nổi tiếng, có thể kỳ lạ, nguy hiểm hoặc hoàn toàn không được biết đến.