Grisaia no Rakuen bắt đầu ngay ở phần cuối của phần trước, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji bị bắt vì tình nghi khủng bố. Một đoạn video cho thấy bằng chứng cụ thể cho thấy Yuuji đã thực hiện những hành vi này, và anh ta đang bị giam giữ bởi Ichigaya.