Câu chuyện của Gundam Build Fighters Try lấy bối cảnh 7 năm sau khi phần đầu tiên kết thúc. Giờ đây, Câu lạc bộ Gunpla Battle của Học viện Seiho chỉ còn một thành viên, Hoshino Fumina, đang là học sinh lớp ba trung học cơ sở. Với tư cách là chủ tịch câu lạc bộ, cô ấy cần thêm hai thành viên nữa để tham gia Giải vô địch đấu súng toàn Nhật Bản sắp tới.