Câu chuyện tiếp tục trực tiếp từ Reflection. Khi cuộc xung đột tiếp tục leo thang, Nanoha và các đồng minh của cô sớm phát hiện ra lịch sử rắc rối giữa Iris và Yuri, có liên quan đến bi kịch của "Ủy ban cải tạo hành tinh" của Eltoria.