Một cặp nhà nghiên cứu ở lại hành tinh Eltria đang chết dần cùng với hai cô con gái của họ, Amitie và Kirie, với hy vọng tìm ra cách hồi sinh hành tinh này. Nhưng khi người chồng Granz lâm bệnh tưởng chừng như giấc mơ hồi sinh hành tinh của họ sẽ lụi tàn. Chống lại mong muốn của chị gái mình, Kirie lên đường cùng người bạn thời thơ ấu Iris để tìm kiếm sự giúp đỡ từ một thế giới xa xôi khác. Họ đến Nhật Bản trên Trái đất để tìm kiếm chìa khóa tái sinh hành tinh của họ. Ở đó, họ gặp Nanoha, Fate và Hayate.