Loạt phim diễn ra bốn năm sau các sự kiện của Mahou Shoujo Lyrical Nanoha StrikerS, trong đó, cô gái phép thuật Nanoha Takamachi đã giải cứu và nhận nuôi một cô gái trẻ tên là Vivio, người là tái sinh của Sankt Kaiser, Olivie Segbrecht.