Lấy bối cảnh ở một tương lai gần, nơi văn hóa otaku ở Nhật Bản đã bị xóa sổ bởi một tổ chức bí ẩn có tên là "SSC", Magical Girl Destroyers kể về những sai lầm của Anh hùng Otaku - một nhà cách mạng trẻ tuổi yêu thích văn hóa otaku - và Anarchy, Blue và Pink, một bộ ba cô gái phép thuật ngưỡng mộ anh ta.