Câu chuyện xoay quanh Yuru, một thiếu niên sống tại một ngôi làng biệt lập trên núi. Cuộc sống yên bình của cậu đảo lộn khi ngôi làng bị tấn công bởi các thiết bị quân sự hiện đại. Yuru phát hiện ra bí mật về bản thân và cô em gái song sinh Asa, cũng như sự tồn tại của các Tsugai (hộ thần) – những sinh vật siêu nhiên chỉ những người được chọn mới có thể điều khiển.