Thành Phố Bóng Đêm bắt đầu từ một người đàn ông khỏa thân đang nằm trong một cái bồn tắm và nhận được một cuộc gọi điện thoại từ một Tiến sĩ tên là Daniel Schreber cảnh báo với anh ta rằng anh nên rời khỏi phòng khách sạn nếu không anh sẽ bị bắt. Trước khi rời khỏi phòng, anh ta tìm thấy thi thể của một người phụ nữ và một con dao. Ngay sau đó một nhóm những người lạ mặt truy đuổi anh ta nhưng anh đã trốn thoát thành công. Trước khi rời khỏi khách sạn, lễ tân cho biết ví tiền của anh ta đang ở trong một nhà hàng. Anh lấy ví của mình và biết tên của anh là John Murdoch, một người lập gia đình có vợ tên là Emma.