Mikoto Misaka và những người bạn của cô ấy đã trở lại, điều tra những tin đồn trên khắp Thành phố Học viện. Chẳng bao lâu, Mikoto phát hiện ra một điều đáng sợ: những thí nghiệm kinh hoàng đang diễn ra khắp thành phố, liên quan đến vụ giết hại hàng nghìn siêu năng lực gia.