Câu chuyện của Cencoroll bắt đầu khi một con quái vật đột ngột xuất hiện khi cư dân trong thị trấn vô cùng hoảng sợ, chỉ trừ cô gái tên Yuki và cậu bạn cùng trường Tetsu. Tetsu tình cờ có một con thú cưng kì quặc tên là Cenco. Một chàng trai khác tên Shuu có khả năng điều khiển quái vật cũng đã xuất hiện đe dọa cả thi trấn, và trận chiến đã nổ ra.