Sau các sự kiện mùa đầu, Nadia và Mason tiếp tục chiến đấu với tổ chức Manticore khi một mối đe dọa mới xuất hiện. Mùa này mở rộng thế giới Citadel với nhiều điệp viên mới, các nhiệm vụ toàn cầu và nhiều plot twist hơn.