Khi một loại virus lây nhiễm ma có tên là Fire-Starter bắt đầu lây lan qua hệ thống dẫn đến vụ ám sát Thủ tướng Nhật Bản, Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội đặc nhiệm tinh nhuệ của cô được gọi đến để truy tìm nguồn gốc của nó.