Lấy bối cảnh 10 năm sau khi Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's, Nanoha, Fate, Hayate và các thành viên còn lại của phi hành đoàn hiện đang làm việc toàn thời gian tại Cục Quản lý Không gian-Thời gian. Nanoha là một người hướng dẫn chiến đấu, Fate là một điều tra viên đặc biệt, và Hayate là một sĩ quan chỉ huy.