Buddy Daddies xoay quanh một gia đình ba người hoàn toàn chẳng có máu mủ gì với nhau: Kazuki Kurusu và Rei Suwa, những sát thủ sống chung dưới một mái nhà và Miri, con gái của mục tiêu ám sát của Kazuki và Rei, cô bé cuối cùng được Kazuki, người mà cô bé nghĩ là cha ruột, nhặt về.