Amu Hinamori và những người bảo vệ trường tiểu học Seiyo tiếp tục nhiệm vụ tìm kiếm và làm sạch X Eggs trong khi theo đuổi Embryo khó nắm bắt — một quả trứng được cho là có thể ban cho bất kỳ điều ước nào. Tuy nhiên, những người bảo vệ phải bảo vệ Phôi thai trước khi nó rơi vào tay của Tập đoàn Phục sinh bất chính.