Touma Kamijou không thể nghỉ ngơi. Sau cuộc xâm lược Thành phố Học viện, căng thẳng chính trị tiếp tục gia tăng khi cả hai phe khoa học và ma thuật xung đột trực diện. Có vẻ như Thành phố Học viện dự định tuyên chiến với Giáo hội Công giáo La mã, hậu quả là đẩy cả thế giới vào cuộc chiến toàn cầu. Touma sớm thấy mình ở tiền tuyến một lần nữa, cố gắng bảo vệ bạn bè và đồng minh của mình.