Hai năm sau trận chiến cuối cùng, khi hòa bình tưởng chừng đã trở lại, quái vật bất ngờ trỗi dậy khiến Trái Đất một lần nữa rơi vào hỗn loạn. Sau chuỗi sự kiện trong Ultraman Trigger, Kengo và đội GUTS-Select phát hiện Dark Z đang nhắm đến sức mạnh của Trigger, kéo theo một âm mưu nguy hiểm đe dọa toàn nhân loại. Trước hiểm họa ngày càng lớn, Ultraman Trigger buộc phải hợp lực cùng Ultraman Z trong trận chiến quyết định để ngăn chặn thảm họa và bảo vệ hòa bình vũ trụ.